中共北京石油學院第二次代表大會于1959年3月14日至20日舉行。閻子元代表上屆黨委作了題為《關于進一步貫徹黨的教育方針問題》的報告。會議指出今后學院的總任務是：在黨的領導下發揮教師、學生、職工三結合的力量，摸出一套教學、生產、科研三結合的經驗，以達到貫徹黨的教育方針，提高教學質量的目的。會議強調學校工作應當以教學為主，在教學工作中應明確以教師為主，建議教學部門加強基礎課教學，減少勞動時間，增加理論課的教學時數等。

大會選舉了新的黨委領導成員，決定了實行黨委領導下的院務委員會負責制。院務委員會是黨委領導下的學院最高行政機構，院長為主席。凡有關教學、生產、科研等行政方面的較重大問題，都經此機構討論通過，再貫徹執行。