“軟科中國兩岸四地大學排名”的排名對象為中國大陸地區、臺灣地區、香港特別行政區和澳門特別行政區中以建設世界一流大學和國際知名的高水平研究型大學為目標、并面向兩岸四地招生的大學。

在大陸地區，以是否受到“211工程”支持作為標準來判斷大學是否以建設世界一流大學和國際知名的高水平研究型大學為主要目標；在臺灣地區，根據淡江大學學習與教學中心教育評鑒發展組對臺灣高校分類中的“博士型大學”的劃分標準，篩選了38所大學作為建設世界一流大學和國際知名的高水平研究型大學的群體。在香港特別行政區和澳門特別行政區確定了可以授予博士學位、并面向大陸地區招收學生的10所大學作為排名的對象，其中香港8所、澳門2所。

排名采用的指標體系在世界大學學術排名所采用的指標體系基礎上，增加了數個同時適用于兩岸四地教育狀況的指標，形成了包括人才培養、科學研究、師資質量和學校資源4大類13項指標的指標體系。在指標權重的安排上遵循了《高等教育機構排名的柏林原則》 中要求優先考慮產出指標的原則。