為提升我國計算科學類專業人才的培養質量，充分發揮高校與科研院所在人才培養工作中的各自優勢，促進雙方的科研和教學工作，鼓勵學生服務國家需求，學院與北京應用物理與計算數學研究所近期成功簽訂聯合培養專業人才與開展科學研究協議書。

協議主要涉及學生短期實習、畢業（論文）設計、課程學習和開展科研合作，通過學院邀請研究所專家來院舉辦講座、聘任研究所專家為兼職博士生導師、鼓勵優秀青年教師短期訪問等方式，加強學院與研究院的溝通交流，雙方共同致力于聯合培養優秀人才和合作開展科學研究。

北京應用物理與計算數學研究所是承擔國家重大科研任務為主，同時開展基礎和應用理論研究的多學科研究機構。研究領域主要涉及高性能計算、計算數學、理論物理、粒子物理與原子核物理等多個方面。研究所人才力量雄厚，其中中國科學院院士、中國工程院院士共15人，享受國務院政府特殊津貼人員32人，國家杰出青年科學基金獲得者9人。研究所在基礎研究和應用研究方面有強大的技術力量，為國家建設和科學技術的發展作出了重大貢獻，榮獲多項獎勵。